La gestion mise en oeuvre dans la réserve, sous l'égide du Ministère de l'Ecologie, du Comité consultatif et du Conseil scientifique de la réserve, vise la protection du patrimoine naturel existant. Il ne s'agit pas d'un sanctuaire de nature mis sous cloche, mais d'un lieu sur lequel l'organisme gestionnaire intervient au quotidien : gestion des milieux forestiers, des queues de retenue des lacs-réservoirs, des milieux prairiaux ouverts (la Pointe de Charlieu). Cette gestion s'effectue en concertation et avec de nombreux partenaires locaux : Les Grands Lacs de Seine, l'ONF...

D'autre part, la réserve naturelle est le lieu de nombreux suivis écologiques tout au long de l'année, mais est aussi un lieu privilégié pour réaliser des études sur la faune, la flore et les habitats naturels.
Le classement des terrains en réserve a permis de protéger ceux-ci de toute activité pouvant mettre en péril la faune et la flore.

La réglementation interdit l'accès de la réserve au public, la chasse (à l'exception de tirs de régulation des populations de sangliers) et la pêche à pied. En outre, la pêche en bateau, la gestion piscicole des queues de retenue et les tirs de régulation des sangliers sont encadrés par des arrêtés préfectoraux.